[遺憾] 台灣第一篇Cell論文作者已經自行撤回

chiuj

RETRACTED: Role of the Sigma Factor in Transcription Initiation in the Absence of Core RNA Polymerase

Reason:The authors reported in this paper a series of experiments aimed atelucidating the exact function of the bacterial transcriptionalspecificity factor sigma (σ), and the importance of core RNA polymerasein modulating σ function. The authors recently identified errors whereoriginal data were processed inappropriately by the first author; theseerrors affect several of the figures. Thus, the authors wish to retractthis paper. The authors continue to stand by the conclusions of thepaper and experiments replicating these results and conclusions will beverified and submitted for peer review at a future date. The authorsare happy to provide reagents to anyone who wishes to repeat theexperiments and would like to apologize to the scientific community forany inconvenience these errors may have caused
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Science雜誌對該事件的報導:
SCIENTIFIC MISCONDUCT:
Online Sleuths Challenge Cell Paper
http://www.sciencemag.org/cgi/co ... &resourcetype=HWCIT

Michael Rossner, managing editor of the Journal of Cell Biology and an expert on detecting image manipulation, confirmed to Science by e-mail that he was familiar with the case and "agree with the students that some of the images are indeed questionable." Cell also received word of the allegations and started an investigation, confirmed Emilie Marcus, the journal's executive editor.

被建議撤回部分請參考TsuNaMi兄的整理

----- previous news -----
http://www.cell.com/content/arti ... IIS0092867406012256

http://www.nchu.edu.tw/New_nchu/know02.php?news_sn=3930
2006.10.27　 中國時報 葉志雲/台中報導

    專注生化研究10多年的中興大學生物化學研究所教授張邦彥在細菌基因轉錄研究有重大突破，發現RNA聚合?轉錄起始因子sigma，可獨立打開雙股起動子DNA，引起國際生物學界重視。這項研究報告獲刊登本月20日出刊的頂尖生物專業期刊Cell（細胞學）雜誌。

    興大校長蕭介夫表示，《Cell》是與《自然》相同等級的國際重要期刊，張邦彥的研究報告能夠刊登在《Cell》，又是國內第1篇，確是殊榮，他的發現將改寫教科書。
    證實sigma可獨立打開雙股DNA

    張邦彥指出，RNA聚合?酵素複合體中有數個成分蛋白，sigma為其中之一，以往研究sigma蛋白功能均須在其它蛋白成分存在的情況下探討分析，因此迄今無法確定這些功能是否都是sigma造成。

    張邦彥這篇報告引起國際學界重視在於發現sigma可獨立運作打開雙股DNA，更清楚了解sigma的功能特性，以及在轉錄機制扮演的角色，對未來生命現象的研究有很大幫助。

    張邦彥原任職公賣局菸葉研究所，專研菸草香味，14年前到興大任教，教授蛋白質化學和基因轉錄機制。他運用過去在農業化學實務累積的基礎，著手RNA聚合?轉錄起始因子sigma研究。3年前他注意到sigma可獨立打開雙股起動子DNA現象，於是積極研究，獲得突破性進展。

    個性內斂低調 實驗室為家

    興大生命科學院院長趙裕展指出，中研院過去曾在《Cell》發表文章，那是與美國知名生物學者合作並在國外完成，張邦彥是獨力在國內完成這項研究而獲刊登。

    趙裕展表示，個性內斂的張邦彥很低調，不願張揚，但對研究非常執著認真，一早就進生化所實驗室，沒到三更半夜不會離開，同仁戲稱「連小偷想進實驗室偷東西都很難下手」。

不知道PIL有沒有做生物研究的朋友，這其實和王建民登上大聯盟一樣
都是非常困難的一件事，尤其這是第一篇由全部台灣的研究者，
在台灣實驗室完成，刊登在國際上生物研究中要求最多
(曾經是點數最高，2005年被science超越，感謝提醒)
的期刊上，做的又是台灣學者普遍沒興趣的basic transcription machinery。

[ 本文最後由 chiuj 於 2007-1-16 14:20 編輯 ]

kikeleo

原文由 chiuj 於 2006-10-29 15:31 發表

http://www.cell.com/content/arti ... IIS0092867406012256



不知道PIL有沒有做生物研究的朋友，這其實和王建民登上 ...

Cellㄟ,實在太厲害了,這一篇大概後面五年的分數都拿了,佩服

xjlin0

雖說近幾年Cell的點數又被Nature與Science超越, 但這實在是太強了, 值得敬佩, 難度可能與王40不相上下.

chiuj

感謝xjlin0提醒，的確2005年science點數比cell高；
相較於science, nature，cell走的是精緻路線，沒有超級完整的證據和故事，
是沒有辦法被接受的。science, nature通常只要有重大意義，即使重點不多
，也是有可能被接受。

SCI impact factor 2005: 去除review系列
science (30.9) > cell (29.4) > nature (29.2)

flycatcher

原文由 chiuj 於 2006-10-30 01:38 發表
感謝xjlin0提醒，的確2005年science點數比cell高；
相較於science, nature，cell走的是精緻路線，沒有超級完整的證據和故事，
是沒有辦法被接受的。science, nature通常只要有重大意義，即使重點不多
，也是 ...

能上這三本的都是令人敬佩的強者
鳳毛麟角呀
而且很多都是待研究室或實驗室比家裡時間長的早出晚歸型
除了知識.實力.機緣, 還得有足夠的熱誠和矇著頭幹下去的精神力

再膜拜一次

Wood

不管是哪一本，只要能上，都是令人敬佩的。

辛苦不一定會有代價，但是能登出來就表示肯定。

也拜一次。

LAkaiY

曾經也在Biomedicine領域待過好幾年. 完全了解研究生活的辛苦和投入.
真的值得鼓勵...
沒記錯的話, nature/science的文章是18點....

chihhsiungchen

的確是令人敬佩。
這三個期刊都是了不起，台灣很多大學，都是超過十年沒有投入內的（說不曾似乎太心酸）。
想想自己把目標訂在PNAS就很了不起了。

當然，某些領域比較有較大機會接觸到這些重大新發現的研究。
像是蔽單位，目前地質的研究團隊同事，在2004年也有2篇Nature上榜，其中一篇是第一作者（研究恐龍的卵胎生）。
最近還有新發現在處理中，應該也是 Nature.............

有一位大學校長講過一句話，作了多年的研究，為得是什麼？
那就是一句話。
"原來如此"
我實在很贊同這句話，而且發現"原來如此"的結果和過程，就是研究最有趣的地方。
寫成期刊，就是把這個快樂分享給別人。

想到PIL之前有人提到，韓國學者偽造投稿國際重要期刊事件，其實這在當時的研究領域，實在是談論得非常難聽。
這是一個搞不清楚研究基本精神的團隊幹的事，是一種大頭症。

台灣的基礎研究不扎實（有學者互相苦笑，稱為淺盤子科學），也是國科會幾乎只單憑點數核計劃，目前又傾向以大型合作計畫為優先不無相關。
基礎研究扎實後，整個研究條件才會實在的提升，重大期刊的量才會同步提升。
還好，在生物醫學及分子生物上，台灣的整體研究水準其實很不錯的。其他生物領域領域，的確還要加把勁（自泣中.....）。

maxi

請問這種點數可以用來幹麻?

liaolc

原文由 maxi 於 2006-10-30 23:02 發表
請問這種點數可以用來幹麻?

功利一點的來說，這種點數可以讓還不是教授的人升教授。申請國科會計畫比較容易過關。
比較不功利一點的，看到這種點數會讓有志於學的人油然而生崇敬之心(我花了三年的煙酒生生涯也只換到一點而已 )

lyr

對於這樣的成就，我聽了沒有什麼特別的感覺，卻只想到他的家人該如何的
支持與包容，才能讓他這樣心無旁騖。

leollc

原文由 LAkaiY 於 2006-10-30 10:24 發表
曾經也在Biomedicine領域待過好幾年. 完全了解研究生活的辛苦和投入.
真的值得鼓勵...
沒記錯的話, nature/science的文章是18點....

這應該是很久以前的點數，現在都快逼近30大關囉。

另外看了陳老師的留言我想起上禮拜收到我們所長的信，研究植物的人其實一直都沒得到應有的重視，看看同樣是發表在Nature上的這篇感想，或許同樣也在這個領域的朋友多少也會有這樣的感覺吧

[ 本文最後由 leollc 於 2006-10-31 00:24 編輯 ]

lifaung

認真說起來,點數最好用的地方還是老師升等

不少老師拼命投那種低點數的(簡稱為好投的),為的就是快速獲得積點來昇官
(這類的招數不外乎是改點條件,把一篇論文可以發完的東西拆成十篇來發,跑模擬的則會改個條件就開始狂發同質性高的論文)
--
以前在臺大還看到不少這種老師
其實每篇研究都有他的重要性,積點並不能代表什麼,另外,越冷門的科學,獲得的積點通常越少
因為這類期刊被引用次數很低XDXD,不過並不表示這篇論文沒有價值,或是價值比其他高點數的論文低喔

如果要出國的話,那點數也會有點用處的樣子
至少表示你被某個等級的學術機構認可了你的價值(不過你列名在第一到第二作者會比較有用,太後面的就算了吧)

chiuj

從https://nscnt12.nsc.gov.tw/PRQUERY/WPR11040.asp?Query_Type=OLD
原來這個計畫從1993就陸續進行，在國內這種funding policy還能堅持這麼久，實在令人敬佩。

整合資源進行大計劃其實無可厚非，連美國生醫研究資源那麼充足還去搞Broad institute:

http://www.broad.mit.edu/about/history.html
Discussions in 2002-2003 among Eli and Edythe Broad, MIT, Harvard, the Harvard hospitals and the Whitehead Institute shaped the vision for this new institute. The extraordinary generosity of Eli and Edythe Broad, through their founding gift of $100 million, made it possible to formally announce the new institute in June 2003 and to launch it in May 2004.

看看張教授的研究經費，實在是小巫見大巫。國外許多學校graduate school也是將生物相關科系整合成一個跨領域的program(GSBS, IBBS...etc,.)。台灣生醫研究資源比起來相對貧乏，再單打獨鬥是行不通的，整合型的超大計劃會是趨勢(整個department負責一個project)。

不過目前看來，擁有旗艦級設備、經費的單位，他們的研究成果到底為台灣生醫起飛帶來了些什麼impact？期待時間能夠證明。

[ 本文最後由 chiuj 於 2006-10-31 01:05 編輯 ]

chiuj

原文由 lifaung 於 2006-10-31 00:38 發表
不少老師拼命投那種低點數的(簡稱為好投的),為的就是快速獲得積點來昇官
(這類的招數不外乎是改點條件,把一篇論文可以發完的東西拆成十篇來發,跑模擬的則會改個條 ...

有些單位考核教授是用點數來進行，被逼急了原本可以發在JBC的paper只好拆成幾篇BBA, BBRC應急，這樣雖然可以約束混吃等死不作研究的態度，不過也間接抑制做長期、深入研究的可能性。其實互相掛名算是學術界的叢林生存法則，只是就會產生高級代工業：博士班學生幫別的lab純化蛋白, cloning，purify virus particle, 養老鼠...等不務正業之怪現象產生。(所以念個6-8年是家常便飯)

[ 本文最後由 chiuj 於 2006-10-31 01:29 編輯 ]

liaolc

原文由 lifaung 於 2006-10-31 00:38 發表
認真說起來,點數最好用的地方還是老師升等

不少老師拼命投那種低點數的(簡稱為好投的),為的就是快速獲得積點來昇官
(這類的招數不外乎是改點條件,把一篇論文可以發完的東西拆成十篇來發,跑模擬的則會改個條 ...

有時候教授一窩蜂提熱門主題做研究計劃也是一種無奈，題目冷門實在也不容易拿到計畫經費，我的碩士論文是在幫指導教授做研究計畫之餘，用即有的藥品材料把自己採的樣本做出自己想要做的論文，不然通常研究生都是用老板上一個年度申請的計畫做論文題目，計畫做完了，論文也生出來了。到現在，我還是很感念我的指導教授接受我的任性，才讓我完成了一個我自己覺得有趣，但是一點都不熱門的碩士論文。

tacchang

所以研究題目是，手持式消費性電子產品與藥品採樣相關性研究初探？haha

LAkaiY

原文由 chiuj 於 2006-10-31 01:16 發表

... 博士班學生幫別的lab純化蛋白, cloning，purify virus particle, 養老鼠...等不務正業之怪現象產生。(所以念個6-8年是家常便飯) ...

這樣說對那些認真念了6-8年才拿到博士學問的人太不公平了啦...
我一票朋友都是差不多這個花了至少六年才拿到博士的,
有一個還以第一作者自己發表了一篇在Nurology上面.

不過, 很多年以前, 我認識一票在紐約念政治學還有古典經濟學的朋友,
他們花了大約十年... 可怕....

chiuj

原文由 LAkaiY 於 2006-10-31 08:21 發表
這樣說對那些認真念了6-8年才拿到博士學問的人太不公平了啦...

我不是那個意思啦
我的意思是說: 有些教授為掛名，叫手下不務正業...結果博班學生自己的實驗沒在做，
整天在幫別人做實驗，而且credit還不是自己的。

LAkaiY

原文由 chiuj 於 2006-10-31 08:39 發表


我不是那個意思啦
我的意思是說: 有些教授為掛名，叫手下不務正業...結果博班學生自己的實驗沒在做，
整天在幫別人做實驗，而且credit還不是自己的。

恩, 沒錯, 所有做學生的自己也要有覺悟.
如果和老師不來電, 趕快換人.

不過, 不是每個學校都有很多指導教授可以選擇.
再加上也不是你敢換, 別人家的就敢收你... 學校很小...

kikeleo

原文由 chiuj 於 2006-10-31 08:39 發表


我不是那個意思啦
我的意思是說: 有些教授為掛名，叫手下不務正業...結果博班學生自己的實驗沒在做，
整天在幫別人做實驗，而且credit還不是自己的。

沒錯,心有戚戚焉

chihhsiungchen

研究工作，也是一種工作。
只是工作上的自由度和被尊重性比較高。
（當然這也是我任為最吸引我的地方）
如人飲水，冷暖自知。

liaolc 能作自己喜歡的事，研究自己喜歡的東西，這都是福氣。
遇到不錯的老闆，真是福氣，知道老闆的好，更是福氣。
當然，遇到不滿意的老闆，也當成磨練吧，老闆花時間花錢花空間花設備，肯花任何一樣，也都是福氣了。

說實在的，計畫案真的主要拿來給學生花，耗材要錢，藥品要錢，出差採材料要錢，什麼都要錢。
有的研究生沒到過台灣以外的大學或研究單位，沒比較過，一味的認為自己很苦，老闆很無知，當然還有"研究生不死，只是生不如死"的自嘲畫面。
事實上，學生只要面對一個老闆，老闆要面對多數學生，對上還有長官，拿人計畫手短，結案報告時間到就是爆肝不能拖，不用巴望學生寫的那種東西能直接交，缺東缺西不說，白紙黑字鬧笑話可不得了。
（套句相聲說的：又不是大官，又不是眷屬，又不是國民黨公務員，哪像你？）

還是一句話，多做一點事，說人好事，少道人非。
老師學生都加油！

pcrainy

的確值得致敬

我光寫一篇文章來投稿

做一年的實驗

連個子兒都迸不出來

liaolc

原文由 chihhsiungchen 於 2006-10-31 11:16 發表
liaolc 能作自己喜歡的事，研究自己喜歡的東西，這都是福氣。
遇到不錯的老板 ...

這都是機緣啊，當然考植研所時，備取生的身份，加上是外校考進來的，熟門熟路的早就在暑假時進實驗室了，等到我備取進去就只能填剩下的空缺，指導教授是一個不善交際但是學問很紮實的資深教授，平常實在是安靜到不行，可是只要學生問問題，都能答得頭頭是道，很享受上他課的感覺，可惜我們這些學生沒什麼料，問不出什麼好問題，看他跟幾個教授討論學術議題時真的很過癮，尤其是看他電一些明明是不擅長的領域還硬要湊話題的老師，實在很想鼓掌叫好

我常常在構思我的論文架構，其實我清楚，我的論文題材就算是再過十年也不會有人再往下做下去，即然如此，只要保持探索問題的好奇心和足夠的專業能力，或許我的下一篇學術論文會是在自己的書房裡完成

[ 本文最後由 liaolc 於 2006-11-1 01:39 編輯 ]

TsuNaMi

大陸那邊討論串的的整理
http://www.newsmth.net/pc/pccon. ... tid=11209&tag=0

台大分子與細胞所的研究生的分析
http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1164037895.A.D84.html

最新的情況：
http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1166067531.A.CA4.html

剛剛連結到PTT去看了一下，目前似乎情況不太妙？
張教授的實驗室無法提供原始圖檔
Cell要他自行撤回研究成果？

真的是蠻巧的，被人提出說有問題的部份
卻剛好找不到原始圖檔來佐證
又是被大陸的人揪出來的
真是有夠複雜的 @@

不知道對這領域比較了解的
對這件事有沒有什麼看法？

[ 本文最後由 TsuNaMi 於 2006-12-15 14:32 編輯 ]

vonjeff

不需要再吵了，原作者已承認用軟體改過圖，
而又找不出被質疑的原始檔，所以這篇paper應該被撤回。
至於結論是否為真就留給其他人解決吧。

[ 本文最後由 vonjeff 於 2006-12-18 00:12 編輯 ]

chiuj

針對改圖的部分
1. 若對某幾條lanes選擇性的加以修改以滿足某種結論 --> fraud
2. 若copy and paste(包含對同一條lane的重製或將不同次的結果貼成一張) --> fraud
3. 若針對「整張」圖片的對比，明暗...等做修改，但有一定限制（例如不能把原本存在的band修掉，原始檔案應該保存）-->ok

任何時候無法提出原始檔，即便是沒有造假的可能性，在科學界都是不被允許的；所以Cell要求作者自行撤回，但Cell此舉並不意味認定這篇文章已然造假，事實上Cell對作者的回應中也尚未指控作者造假，不過Cell方面向Science表示已經展開調查，並引用專家的說法表示該圖某幾條lane "questionable"。至於科學家本身的處置，應該由該領域的科學倫理委員會（如中興大學或NSC）來調查，如同首爾大學處理黃禹錫的造假案，也是如此。

造假在科學界是非常嚴厲的指控，被判定授意假造數據不但意味該研究員信用破產，通常會波及該研究員的機構，甚至台灣生物學界。所以唯有公正透明的調查，能夠保護機構以及研究員的名譽，我期待中興大學應該起身捍衛自己的reputation，對此一事件做徹底的調查。

此外每一個數據不會獨立存在，透過不同實驗的「再現性」會互相證明結論的可靠程度；如果為了達到某種目標不擇手段，只假造一個fig2c是絕對不夠的。不過科學是就data論data，任何人都有權力質疑已經發表的數據。只是多年的研究，竟然敗在poor lab discipline，著實可惜。

[ 本文最後由 chiuj 於 2007-1-16 14:21 編輯 ]

fattyacid

剛剛看了一下，真的是很不好的事

就算實驗會有再現性，可是發表在Cell上面的圖真的是有問題的話，被抓包的話，誠實是最好的辦法...

TsuNaMi

感謝chiuj兄的解說
總算比較瞭解了
只因為這樣的事情就抹煞了之前的努力真的蠻可惜的
希望整件事情能有圓滿的收尾